De pathogeniciteit van deze darmprotozoa is omstreden. Behandeling van een vermeende blastocystis spp. infectie kan worden overwogen bij langdurige klachten en bij uitsluiting van andere oorzaken.

Behandeling is vaak ineffectief. Paromomycine zou mogelijk een hoger eradicatiepercentage bereiken, echter vanwege de beperkte beschikbaarheid en de dubieuze pathogeniciteit verdient de behandeling met metronidazol de voorkeur.  

Overleg met arts-microbioloog indien klachten ondanks behandeling persisteren met uitblijven van parasitologische genezing.